生理休暇取得を事実上抑制する制度は認められません
生理休暇取得を理由に皆勤手当をカットするなど不利益な取り扱いをすることは直ちに違反とはならなくとも、取得の抑制につながり好ましくありません。厚労省の通達でも「著しい不利益を課すことは法の趣旨に照らして好ましくない」とされています。賞与や一時金の算定に関わる出勤率の計算にあたって生理休暇取得日を欠勤とみなし、減額するような取り扱いについても考慮されることが望ましいとされています。
最高裁判決では「労働協約等に定めがない限り無給」であることを前提としたうえで、「生理休暇の取得を著しく困難とし、労働基準法が女子労働者の保護を目的として生理休暇について特に規定を設けた主旨を失わせると認められるもの」については違反としており、生理休暇取得を事実上抑制する効果を持つ場合（たとえば精勤手当が高額）については違法になります。
労使交渉によって生理休暇の有給化や手当の支給を労働協約等に定めるのが一番の解決方法であることは言うまでもありません。